De viktigste samarbeidspartnere for Kunstmuseet Nord-Trøndelag er Namsos Kunstforening og Riangalleriet som har sine samlinger i Kunstmuseets magasiner. Namsos Kunstforening har vært en viktig samarbeidspartner fra opprettelsen av Fylkesgalleriet. Deres samling var grunnlaget for galleriets virksomhet som forvalter og formidler av profesjonell kunst, ved siden av vekslende utstillinger av samtidskunst. Det er inngått en samarbeidsavtale med kunstforeningen hvor deres samling blir disponert og forvaltet av Kunstmuseet, mens foreningen får utstillingsplass, kontor- og magasinplass for sin virksomhet.

Det er også inngått avtale med Riangalleriet som er en interesseorganisjon for å bevare, vise og samle inn verk av maleren Johs. Rian. Kunstmuseet stiller lokaler og magasinplass til disposisjon for Riangalleriet og får disponere verk i deres samling.